El Sanatorio dispuso en el 4º piso del edificio de Acuña de Figueroa, el Departamento de Investigación, que consta de oficinas destinadas a los investigadores principales de los Protocolos en estado activo de las diferentes especialidades.
Dentro del Área de Investigación, existe un importante número de protocolos en curso entre las especialidades Infectología, Cardiología, Reumatología, Oncología, Bioingeniería, Hemodinamia y Diabetología.
Toda determinación tomada por el Comité de Ética e Investigación de la Fundación Sanatorio Güemes (CEIFSG) se encuentra regida por los lineamientos de la Buenas Prácticas Clínicas y construida sobre la base de las normas nacionales e internacionales de Regulación de Investigaciones Clínicas.